Uvod: Autofagija je katabolički proces koji pripada tipu II neapoptotičke stanične smrti. Inducira se pri oksidativnom stresu, nedostatku nutrijenata i hormona, pri infekciji ili drugim ekstracelularnim podražajima. Procesom autofagije stanični se materijal, organeli i proteini unose u vezikule (autofagosome) koji se spajaju s lizosomima kako bi se omogućila degradacija staničnog otpada. Praćenje mehanizma autofagije bitna je sastavnica medicinskih i farmakoloških istraživanja, jer poremećaji u mehanizmu autofagije dovode do raznih patoloških promjena u organizmu. Cilj rada: Usporediti tri osnovna principa bojenja autofagnih vakuola. Nakon pripreme uzoraka i bojenja, analizom rezultata odrediti koja je od metoda najprikladnija za detekciju autofagije u našim uvjetima rada. Materijal i metode: Uzorci HeLa stanične linije (1 – 3 x 105 stanica po jažici), inkubirane u 24 h, 48 h, i 72 h u tri različita medija obojeni su po protokolima za bojenje. Rezultati su analizirani na protočnom citometru. Rezultati: Bojenje MDC-om i komercijalnim setom za detekciju autofagije ne daje vidljivu razliku u rezultatima zbog neoptimalnih postavki lasera ili smanjene fluorescencije. Najbolje rezultate, s najvidljivijom razlikom, daje bojenje AO-om. Zaključak: Bojenje autofagnih vakuola relativno je brza i jednostavna metoda praćenja autofagije. Najbolje rezultate daje bojenje AO-om. Metode bojenja nisu dostatne samostalno i potrebno je paralelno provoditi još nekoliko metoda za detekciju autofagije da bi se mogli donijeti čvrsti i točni zaključci o autofagiji u odabranim uzorcima.