prikaz prve stranice dokumenta Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije
  Download
PDF 2.18 MB
master's thesis
Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije
2022. urn:nbn:hr:152:894393
Čikotić, Marija
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Čikotić, M. (2022). Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije (Master's thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić, Marija. "Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić, Marija. "Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić, M. (2022). 'Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije', Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 21 April 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić M. Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije [Master's thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2022 [cited 2024 April 21] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

M. Čikotić, "Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije", Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2022. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Please login to the repository to save this object to your list.
Metadata
TitleAnaliza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije
Title (english)Transcriptomic analysis of the thyroid tissue in Hashimotos disease using next-generation sequencing
AuthorMarija Čikotić
MentorMario Štefanić (mentor)
Committee memberMarija Heffer (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMartina Smolić (član povjerenstva)
Committee memberMario Štefanić (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2022-09-28, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Clinical Medical Sciences
Nuclear Medicine
Abstract
CILJ: Hashimotov tireoiditis (HT) čest je uzrok primarne hipotireoze. Doprinos različitih staničnih populacija i molekularnih mehanizama slabo je poznat, ali sljedeća generacija tehnologija pruža priliku da se to promijeni. METODE: U tu smo svrhu secirali transkripcijsku raznolikost HT-a analizom masovnih RNA-seq knjižnica tkiva štitnjače iz v8 izdanja Genotype-Tissue Expression projekta. Sveukupno, 31 cjelogenomski profil oboljelog tkiva s elementima HT uspoređen je sa 103 kontrolna uzorka nakon prilagodbe za kovarijate. Provedena je analiza razlikovnog izražaja gena (limma paket), nakon čega je uslijedilo profiliranje obogaćenih bioloških puteva (Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Broad Molecular Signatures Database v7.4). REZULTATI: Sveukupno, pronašli smo 2809 pojačano izraženih gena i 2348 smanjeno izraženih gena (|omjer izražaja| > 1,5 i Benjamini-Hochberg P < 0,05). HT je obilježen putovima povezanim s T i B staničnom signalizacijom, obradom antigena, interakcijama citokin-citokin receptora, apoptotskim i nekroptotskim potpisima gena. Nasuprot tome, konverzija u HT popraćena je smanjenim izražajem genskih skupova povezanih sa staničnim spojnicama, epitelnim i anaboličkim procesima, zdravljem mitohondrija i Hippo signaliziranjem. Također, nalazimo znakove endotelnog i stromalnog remodeliranja u HT-u. ZAKLJUČAK: Identificirali smo širok raspon transkripcijskih promjena, pružajući tako sveobuhvatan atlas potencijalno promijenjenih bioloških putova u HT. Za korištenje tih podataka potrebna je daljnja provjera valjanosti.
Abstract (english)
AIM. Hashimoto’s thyroiditis (HT) is a common cause of primary hypothyroidism. The contribution of diverse cell populations and molecular mechanisms is poorly understood, but the next generation of multi-messenger technologies provides an opportunity to break this impasse. METHODS. To this purpose, we dissected the transcriptional diversity of HT by analysing bulk RNA-sequencing libraries of thyroid tissue from the v8 release of the Genotype-Tissue Expression project. In total, 31 whole-genome expression profiles for which HT was indicated were compared to 103 covariate-adjusted control samples. Differential gene expression analysis was performed (limma package), followed by pathway enrichment profiling (Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Broad Molecular Signatures Database v7.4). RESULTS. Overall, 2809 upregulated and 2348 downregulated genes were found at |fold change| > 1,5 and Benjamini-Hochberg P < 0,05. HT was enriched in pathways associated with T and B cell signalling, antigen processing, cytokine-cytokine receptor interactions, apoptotic and necroptotic gene signatures. By contrast, a transition to HT was accompanied by down-regulation of gene sets associated with cell junctions, epithelial and anabolic processes, mitochondrial health and Hippo signalling. We also propose roles for endothelial and stromal remodeling in HT. CONCLUSIONS. We identified a broad range of transcriptional alterations, thus providing a comprehensive atlas of potentially altered biological pathways in HT. Further validation is necessary to put those data to use.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:894393
Study programmeTitle: University Graduate Studies
Study programme type: university
Study level: integrated undergraduate and graduate
Academic / professional title: doktor/doktorica medicine (doktor/doktorica medicine)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2023-07-20 13:20:48