prikaz prve stranice dokumenta Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK
  Download
PDF 1.61 MB
master's thesis
Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK
2023. urn:nbn:hr:152:906179
Klepić, Nikolina
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Klepić, N. (2023). Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK (Master's thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić, Nikolina. "Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić, Nikolina. "Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić, N. (2023). 'Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK', Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 30 June 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić N. Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK [Master's thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2023 [cited 2024 June 30] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

N. Klepić, "Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK", Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2023. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Please login to the repository to save this object to your list.
Metadata
TitleRaznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK
Title (english)Fibroblast diversity in human thyroid tissue: a single-cell RNA sequencing perspective
AuthorNikolina Klepić
MentorMario Štefanić (mentor)
Committee memberStana Tokić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMartina Mihalj (član povjerenstva)
Committee memberMario Štefanić (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2023-09-20, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Basic Medical Sciences
Abstract
CILJ. Sveobuhvatna karakterizacija fibroblasta štitnjače ključna je za bolje razumijevanje zdravlja i bolesti ljudske štitnjače. Kako bismo popunili ovu prazninu, predstavljamo integrirani jednostanični transkriptomski atlas fibroblasta štitnjače kombinirajući 10 objavljenih skupova podataka za 12 zdravih i oboljelih odraslih osoba koje imaju benigne poremećaje štitnjače. METODE. Koristili smo integracijsku metodu visokih performansi, Harmony, za integrirano ugniježđenje svih 76589 stanica i harmonizaciju pripadnih metapodataka iz prikupljenih eksperimenata (benigno tkivo štitnjače, Seurat v4 protokol). Odatle, iterativno grupiranje je korišteno za identifikaciju i karakterizaciju podskupa od 2302 fibroblasta. Diferencijalna ekspresija temeljila se na Wilcoxonovom testu rangova, s popratnom analizom obogaćenih bioloških putova (Broad Molecular Signatures Database v7.51). REZULTATI: Identificirali smo brojna zajednička i jedinstvena stanična stanja u više poremećaja štitnjače, uključujući zdrave kontrole, Hashimotov tireoiditis i benignu čvorastu gušu. Ukupno je zabilježeno 6 različitih podskupova, uključujući dva skupa univerzalnih panfibroblasta, dva skupa miofibroblasta, i dva skupa visoko specijaliziranih proupalnih i profibrogenih fibroblasta povezanih isključivo s bolešću. ZAKLJUČCI: Fibroblasti štitnjače vrlo su heterogena populacija stanica čiji broj, sastav i funkcija značajno variraju među zdravim i oboljelim osobama. Ortogonalna validacija je nužna za potvrdu ovih preliminarnih rezultata.
Abstract (english)
AIM. A comprehensive characterization of thyroid fibroblasts is central to better understanding of both health and disease in the human thyroid. To help fill this gap, we present an integrated single-cell transcriptomic atlas of the thyroid fibroblasts by combining 10 published datasets from 12 healthy and affected adult individuals having benign thyroid disorders. METHODS. We used the high-performing integration method, Harmony, to create an integrated embedding of all 76589 cells and their respective metadata from the collected experiments (benign thyroid tissue, Seurat v4 workflow). From there, iterative clustering was used to identify and characterize a subset of 2302 fibroblasts. Differential expression was based on the Wilcoxon rank sum test, followed by gene set enrichment analysis (Broad Molecular Signatures Database v7.51). RESULTS. We identified a number of shared and unique cell states across multiple thyroid diseases, including healthy controls, Hashimoto’s thyroiditis and benign nodular goiter. In total, 6 different subsets were observed, encompassing two sets of universal pan-fibroblasts, two sets of myofibroblasts, and two sets of highly specialized, disease-associated proinflmammatory and profibrogenic fibroblasts. CONCLUSIONS. The thyroid fibroblasts are a highly heterogeneous population of cells whose number, composition and function vary considerably among the healthy and diseased individuals. Ortogonal validation is necessary to confirm these preliminary results.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:906179
Study programmeTitle: University graduate study
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2024-05-09 07:25:34