prikaz prve stranice dokumenta Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil
  Download
PDF 2.01 MB
undergraduate thesis
Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil
2018. urn:nbn:hr:152:768755
Galeković, Mia
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Galeković, M. (2018). Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil (Undergraduate thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768755

Galeković, Mia. "Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil." Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768755

Galeković, Mia. "Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil." Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768755

Galeković, M. (2018). 'Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil', Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 02 April 2025, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768755

Galeković M. Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil [Undergraduate thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2018 [cited 2025 April 02] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768755

M. Galeković, "Utvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil", Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2018. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768755

Please login to the repository to save this object to your list.
Metadata
TitleUtvrđivanje autentičnosti staničnih linija analizom kratkih ponavljajućih sljedova STR profil
Title (english)Authentication of a cell lines by determination of a short tandem repeats STR profile
AuthorMia Galeković
MentorKatarina Mišković Špoljarić (mentor)
Committee memberStana Tokić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberTeuta Opačak-Bernardi (član povjerenstva)
Committee memberKatarina Mišković Špoljarić (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2018-09-21, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Basic Medical Sciences
Human Genetics, Genomics and Proteomics
Abstract
Uvod: Kontinuirane stanične linije dobro su utvrđeni modeli za proučavanje raznih zdravstvenih stanja, osobito malignih oboljenja – iako, pri radu s njima treba biti oprezan i svjestan mogućih problema kontaminacije koja ima dalekosežne posljedice na rezultate znanstvenih istraživanja. Upravo iz tog razloga osmišljeni su brojni testovi pomoću kojih je moguće odrediti identitet stanične linije, odnosno odrediti je li stanična linija „slobodna“ od druge stanične linije i/ili mikroorganizma. Takvi... More se testovi nazivaju testovima autentifikacije, a najčešće je korišteni test, koji je ujedno i trenutačni „zlatni standard“, analiza kratkih ponavljajućih sljedova, odnosno STR profiliranje. Cilj: Cilj je ovog istraživanja utvrđivanje autentičnosti šest staničnih linija uzgojenih in vitro metodom analize kratkih ponavljajućih sljedova – STR profiliranjem kao i određivanje udjela podudarnosti elektroferograma s ATCC-ovom bazom podataka. Materijal i metode: U istraživanju je korišteno šest staničnih linija (HeLa, SW620, CCRF-CEM, K-562, HT-29, Caco-2) kojima je analizirano 15 lokusa + amelogenin. Koraci su analize: izolacija DNK, određivanje koncentracije DNK, PCR umnažanje i elektroforeza. Za analizu rezultata primijenjen je program GeneMapper softver za izradu elektroferograma. Rezultati: Dobiveni su elektroferogrami koji su uspoređivani s referentnom bazom STR profila te je na osnovi toga određena autentičnost i udio podudarnosti među staničnim linijama. Autentičnima su se pokazale stanične linije HeLa, SW620, CCRF-CEM, HT-29 sa 100 %-tnom podudarnošću, Caco-2 sa 75 %-tnom, a kod K-562 stanične linije nije se odredio STR profil. Zaključak: Određivanjem STR profila utvrđena je autentičnost HeLa, SW620, HT-29, CCRF-CEM staničnih linija, dok je za Caco-2 potrebno provesti dodatne analize kako bi se donio konačan zaključak o autentičnosti. Za K-562 potrebno je ponoviti cjelokupan analitički proces utvrđivanja STR profila. Less
Abstract (english)
Introduction: Continuous cell lines are well-recognized models for the study of medical conditions, particularly for cancer. However, there are cautions to be aware of when using continuous cell lines, including the possibility of contamination which has far-reaching consequences on the results of the research. This is the reason why there are a lot of tests designed to help authentication of the cell line, which actually means finding out whether a certain cell line is “free“ from another... More cell line and/or microorganism or not. These kinds of tests are called authentication tests. The most frequently used one, also called “gold standard”, is a short tandem repeat profiling (STR) test. Objective: The aim of this study was to authenticate 6 cell lines grown in vitro using short tandem repeat (STR) profiling, as well as to define match percentage between electropherograms and ATCC- database. Materials and methods: 6 cell lines were used in this research (HeLa, SW620, CCRF-CEM, K-562, HT-29, Caco-2) and were analyzed on 15 loci + amelogenin. The steps of the analysis were: DNA isolation, determination of DNA concentration, PCR duplication and electrophoresis. GeneMapper software for electropherograms was used for the analysis of the results. Results: Electropherograms obtained were compared to standard reference STR database which made it possible to determine if cell lines were authentic and the percentage match between them. 4 cell lines, HeLa, SW620, CCRF-CEM and HT-29, were verified as authentic at 100 %, CaCo-2 cell line authentic at 75 %, while K-562 STR profile was not determined. Conclusion: Short tandem repeat profiling (STR) test established the authenticity for HeLa, SW620, HT-29 and CCRF-CEM cell lines, while further analysis should be conducted with Caco-2 cell line in order to make a final conclusion about its authenticity. Furthermore, analytical procedure for K-562 cell line should be repeated. Less
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:768755
Study programmeTitle: University undergraduate study
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/ baccalaurea) medicinske laboratorijske dijagnostike (sveučilišni prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/ baccalaurea) medicinske laboratorijske dijagnostike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2018-12-14 09:47:41
accessibility

closeAccessibilityrefresh

If you wish to permanently save changes, click on Save, if not - your settings will be reset when you restart the browser.