prikaz prve stranice dokumenta Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije
  Preuzmi
PDF 2.31 MB
diplomski rad
Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije
2024. urn:nbn:hr:152:577325
Sajda, Tamara
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek

Citirajte ovaj rad

Sajda, T. (2024). Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije (Diplomski rad). Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325

Sajda, Tamara. "Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325

Sajda, Tamara. "Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325

Sajda, T. (2024). 'Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije', Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, citirano: 29.10.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325

Sajda T. Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije [Diplomski rad]. Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek; 2024 [pristupljeno 29.10.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325

T. Sajda, "Molekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije", Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, Osijek, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:577325
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovMolekulsko modeliranje enzima laktat dehidrogenaze-B i njegovih liganda kao kandidata za antikancerogene terapije
Naslov (engleski)Molecular modeling of the enzyme lactate dehydrogenase-B and its ligands as candidates for anticancer therapies
AutorTamara Sajda
MentorHrvoje Brkić (mentor)
Član povjerenstvaKatarina Mišković Špoljarić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaBarbara Viljetić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaHrvoje Brkić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek
Osijek
Datum i država obrane2024-07-16, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Temeljne medicinske znanosti
Sažetak
Cilj istraživanja: Metodama molekulskog modeliranja ispitati i prikazati inhibiciju enzima laktat dehidrogenaze, ispitati energetski najpovoljnije položaje određenih liganda u enzimu te ispitati vezanje različitih liganda (tukatinib, kapmatinib i AXKO-0046) s navedenim enzimom. Nacrt studije: Istraživanje je napravljeno kao in silico studija – izgradnja računalnog modela enzima i inhibitora Materijali i metode: Podaci o enzimu LDH-B preuzeti su baze PDB, a podaci o inhibitorima tukatinib, kapmatinib i AXKO-0046 preuzeti su iz baze PubChem. Za predikciju energijski najpovoljnijeg položaja korišten je server LeDock. Sve strukture vizualizirane su korištenjem softvera VMD. Rezultati: Rezultati dobiveni korištenjem servera LeDock prikazuju energetski najpovoljnije konformacije inhibitora prilikom vezanja za aminokiselinske ostatke enzima. Ti rezultati su vizualizirani softverom VMD gdje je provedena ručna analiza interakcija inhibitora i enzima, mjereći njihovu udaljenost u angstremima. Zaključak: Računalnim metodama uklapanja dobiveni su energijski najpovoljniji položaji inhibitora tukatinib, kapmatinib i AXKO-0046. Najpovoljniji položaj inhibitora tukatinib je u veznim mjestima Ala96 i Asp52, najpovoljniji položaj inhibitora kapmatinib je u veznim mjestima Arg99 i Asp52, a najpovoljniji položaj inhibitora AXKO-0046 je u veznim mjestima Arg99 i Asp52.
Sažetak (engleski)
Objectives: Using molecular modeling methods to examine and show the inhibition of the lactate dehydrogenase enzyme, to examine the most energy - efficient positions of certain ligands in the enzyme, and to examine the binding of different ligands (tucatinib, capmatinib and AXKO-0046) with enzyme. Study design: The research was done as an in silico study - building a computer model of enzymes and inhibitors. Materials and methods: Data on the enzyme LDH-B were taken from the PDB database, and data on the inhibitors tucatinib, capmatinib and AXKO-0046 were taken from the PubChem database. The LeDock server is used to predict the most energy - efficient position. All structures were visualized using VMD software. Results: The results obtained using the LeDock server show the most energy - efficient conformations of the inhibitor when binding to amino acid residues of the enzyme. These results were visualized with the VMD software, where a manual analysis of inhibitor-enzyme interactions was performed, measuring their distance in angstroms. Conclusion: The most energy - efficient positions of the inhibitors tucatinib, capmatinib and AXKO-0046 were obtained by molecular docking methods. The most energy - efficient position of the inhibitor tukatinib is in the binding sites Ala96 and Asp52, the most energy - efficient position of the inhibitor capmatinib is in the binding sites Arg99 and Asp52 and the most energy - efficient position of the inhibitor AXKO-0046 is in the binding sites Arg99 and Asp52.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:152:577325
Studijski programNaziv: Medicinsko laboratorijska dijagnostika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (mag. med. lab. diag.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-10-14 10:00:44