prikaz prve stranice dokumenta Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače
  Preuzmi
PDF 1.98 MB
diplomski rad
Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače
2022. urn:nbn:hr:152:622273
Aliti, Điljferije
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek

Citirajte ovaj rad

Aliti, Đ. (2022). Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače (Diplomski rad). Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273

Aliti, Điljferije. "Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273

Aliti, Điljferije. "Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273

Aliti, Đ. (2022). 'Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače', Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, citirano: 02.04.2025., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273

Aliti Đ. Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače [Diplomski rad]. Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek; 2022 [pristupljeno 02.04.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273

Đ. Aliti, "Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače", Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, Osijek, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovBiološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače
Naslov (engleski)Biological and technical sources of variations in transcriptome sequencing of thyroid tissue
AutorĐiljferije Aliti
MentorMario Štefanić (mentor)
Član povjerenstvaMarija Heffer (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaStana Tokić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMario Štefanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek
Osijek
Datum i država obrane2022-09-29, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Temeljne medicinske znanosti
Medicinska biokemija
Sažetak
CILJ. Ispitati utjecaj demografskih, agonalnih i procesnih osobitosti uzoraka na transkripcijsku varijabilnost i kontrolu kvalitete u cjelogenomskoj RNASeq analizi tkiva štitnjače (bioinformatička analiza). USTROJ STUDIJE. Istraživanje je ustrojeno kao eksploracijska studija (in silico analiza). METODE. Analizirana je transkripcijska varijabilnost tkiva štitnjače korištenjem knjižnica RNK sekvenciranja iz GTEx projekta (v8 izdanje). Ukupno je analizirano 228 profila cjelogenomske... Više ekspresije u ovisnosti o demografskim podacima donora i atributima uzoraka. Provedena je analiza particije varijance, hijerarhijsko grupiranje i faktorizacija matrica, nakon čega je uslijedilo profiliranje bioloških puteva unutar visoko izraženih metagena (Gene Ontology, Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Cell Signatures, Broad Molecular Signatures Database v7.4). REZULTATI. U potpunosti razvijen Hashimotov tiroiditis, kada je bio prisutan, dominantan je izvor transkripcijske varijabilnosti. Za zdravo tkivo štitnjače doprinos tehničkih kovarijata nadmašuje utjecaj demografskih podataka (starost, spol i etnička pripadnost). Mlađa dob, smrt na respiratoru, bolje očuvana RNK, kratka ishemija i ograničena autoliza povezani su s izražajem detoksikacijskih i antioksidativnih, obrambenih gena iz NRF2 puta. Nasuprot tome, starija dob, spora smrt, lošije očuvana RNK, produljena ishemija i viši stupanj autolize povezani su s transkripcijskim biljezima hipoksijskog odgovora, ishemijske ozljede vaskulature, NFκB signaliziranja i aktivacije perivaskularnih fibroblasta. ZAKLJUČAK. Identificirani su različiti obrasci transkripcijske varijabilnosti koji proizlaze iz širokog raspona demografskih i tehničkih kovarijata. Brojni geni koordinirano mijenjaju izražaj, odražavajući rezidualnu transkripciju dugo nakon prestanka života. Sakrij dio sažetka
Sažetak (engleski)
TITLE. Biological and technical sources of variations in transcriptome sequencing of thyroid tissue AIM. To assess the effect of demographic, agonal and technical factors on whole-genome transcriptional variability of thyroid tissue using bulk RNASeq analysis (bioinformatics analysis). STUDY DESIGN. This research is designed as an exploratory research (in silica analysis). METHODS. The transcriptional variability of thyroid tissue was dissected by using RNAsequencing libraries... Više from the Genotype-Tissue Expression project (v8 release). In total, 228 whole-genome expression profiles were analyzed in relation to their host demographics and sample attributes. Variance partition analysis, hierarchical clustering and matrix factorization were performed, followed by pathway enrichment profiling of highly expressed metagenes (Gene Ontology, Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Cell Signatures, Broad Molecular Signatures Database v7.4). RESULTS. Full blown Hashimoto’s thyroiditis, when present, was the dominant source of transcriptional variability. For healthy thyroid tissue, technical covariates outweighed the contribution from demographic data (age, sex, and ethnicity). Younger age, death on the ventilator, higher RNA integrity, short ischemia, and low autolysis were associated with an array of detoxifying and antioxidant defence genes from the NFR2 pathway. In contrast, older age, slow death, poor RNA integrity, long ischemia, and higher autolysis score were associated with transcriptional markers of vascular injury, hypoxic response, NFκB signalling, and fibroblast activation. CONCLUSIONS. Different patterns of transcriptional variability stemming from a broad range of demographic and technical covariates were identified. Many genes co-ordinately changed their expression, reflecting an ongoing transcription long after cessation of life. Sakrij dio sažetka
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:152:622273
Studijski programNaziv: Medicina
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica medicine (dr. med.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-03-19 15:55:48
accessibility

closePristupačnostrefresh

Ako želite spremiti trajne postavke, kliknite Spremi, ako ne - vaše će se postavke poništiti kad zatvorite preglednik.